Méry est un village d’origine antique, de nombreux vestiges gallo-romains ont été observés dans la région et notamment au sud du bourg et sur la place même de Méry qui était autrefois le cimetière. Le nom de la commune ,villa Mariacius confirme cette origine et proviendrait d’un nom d’homme latin Matrius ( ou Marius) et du suffixe -iacum .
Une voie romaine passait au point d’intersection de 4 paroisses : Châtres, Thénioux, Méry sur Cher et Theillay. La Seigneurie de Méry apparait pour la 1° fois dans une charte de 1025, en laquelle Garnier de Méry figure parmi les barons du sire de Vierzon. Elle fut fort divisée au cours des siècles suivants.
Au Moyen Age, Méry devint paroisse consacrée à St Martin, sous le patronage de l’abbaye de Vierzon dés 1121,et possédait un hôtel-Dieu. Les murs de l’église datent des XIII° et XIV° siècle et les voates des XIV-XV° siécles. L’église,plusieurs fois restaurée,est composée de deux rectangles(chœur et nef)et d’une chapelle seigneuriale au sud.
Le chateau de Méry a appartenu à la famille de Bonnault du XIV au XIX° siécle.Les bâtiments se sont vus adjoindre un perron au XVIII° siécle.Plusieurs autres fiefs se trouvaient sur le territoire de la commune: les Mottes d’Airy et de Charnay,et la Forêt(la Genetiére) ou reste une construction ancienne.
François de Bonnault, Seigneur de Méry et de la Forêt, fit dresser en 1599 le terrain de la Seigneurie de Méry. Il eut de grandes difficultés avec son voisin, François de Mathe-Felon, Seigneur de la Bruère, au sujet des honneurs dans l’église paroissiale de Méry. Le vieux Maréchal de La Châtre, se rendit à Méry le 13 octobre 1613 et rendit un jugement arbitral qui attribuait au Seigneur de Méry les honneurs paroissiaux et réglait la question des sépultures dans l’église.
Le 8 mars 1789, la paroisse de Méry demande à être réunie à la Généralité de Berry et non plus avec la Généralité
d’Orléans.
Au XIX siècle on récoltait à Méry froment, seigle, orge, avoine, on coupait du bois et on cultivait la vigne.
De 1940 à 1943 , pendant la seconde guerre mondiale , la ligne de démarcation passait à Méry sur Cher 
.
En 1979 il restait à Méry 40 exploitations qui occupaient 128 personnes.
Méry est devenu maintenant beaucoup plus résidentiel avec lotissements et maisons individuelles.
